Dans les fermes d'élevage, certains antibiotiques sont utilisés pour éviter que des maladies se répandent, un danger bien réel lorsque beaucoup d'animaux vivent serrés les uns sur les autres.

Résister à la résistance...

CHRONIQUE / «On parle beaucoup, ces temps-ci, de résistance aux antibiotiques chez l'humain et j'ai déjà entendu dire que le problème était dû, entre autres, à la consommation de produits d'animaux à qui l'on donne des antibiotiques simplement pour améliorer leur productivité. Est-ce que cette affirmation est vraie? Si oui, comment se transmet la résistance de l'animal à l'humain?» demande Bruno Robert, de Québec.
Pratiquement toutes les communautés de bactéries du monde partagent deux grandes caractéristiques : elles comptent un certain pourcentage de «mutantes», dont l'ADN n'a pas été bien recopié pendant la reproduction ; et elles sont très, très, très nombreuses, ce qui implique qu'il y a beaucoup de mutantes et une grande diversité génétique. Le plus souvent, les mutations handicapent ou même tuent les bactéries porteuses, mais, au nombre qu'elles sont, il y a toujours quelques «billets gagnants» : des mutations qui confèrent des avantages, comme une résistance aux antibiotiques.
Quand on soumet un groupe de bactéries à un traitement antibiotique, surtout si on le fait pendant longtemps, on se trouve donc à éliminer les «non-mutantes» pour ne retenir que celles qui sont capables de survivre au médicament. Et c'est doublement fâcheux parce que les bactéries (beaucoup d'entre elles, en tout cas) sont connues pour être capables de se passer des gènes de résistance, même entre espèces différentes. Elles peuvent intégrer un bout d'ADN «perdu» qui passe à proximité, elles peuvent se le faire transmettre par un virus, et certaines s'échangent même des gènes par contact direct entre bactéries.
Il y a des moyens de limiter ce problème, comme ne pas prendre d'antibiotiques sans raison, ou encore ne pas cesser son traitement avant la fin prescrite (si toutes les bactéries finissent par mourir, elles ne peuvent pas développer de résistance). Mais malgré cela, la tendance générale partout dans le monde est que la résistance aux antibiotiques se répand, et vite. Au Canada, par exemple, la proportion de gonorrhée capable de survivre à un traitement antibiotique variait en 2004 entre 5 et 15 %, selon le type d'antibiotique. En 2014, c'était entre 15 et 45 %.
Maintenant, est-ce la faute des fermes d'élevage? Est-ce que les masses d'antibiotiques qu'on donne aux boeufs, poules et cochons contribuent au problème? L'industrie s'en défend bien, mais le fait est que l'usage continuel d'antibiotiques est clairement un facteur de résistance et que l'élevage dans son ensemble se sert de médicaments précisément de cette manière. Certains antibios sont utilisés pour éviter que des maladies se répandent (un danger bien réel lorsque beaucoup d'animaux vivent serrés les uns sur les autres), d'autres parce qu'ils ont comme «effet secondaire» de stimuler la croissance. Pour prendre la mesure du phénomène, il suffit de savoir qu'aux États-Unis (un cas extrême, mais quand même), environ les trois quarts du marché des antibiotiques sont occupés par l'agriculture.
Plusieurs travaux scientifiques étayent le lien élevage-résistance, d'ailleurs. Par exemple, une étude albertaine a trouvé qu'au bout de six mois d'une diète «normale» comprenant deux antibiotiques, les taux de résistance bactérienne dans les selles de veaux d'élevage avaient augmenté de 40 à 80 % (selon l'espèce). De même, une étude chinoise parue l'an dernier a comparé les  Staphyloccocus aureus (une bactérie très commune qui vit sur la peau, habituellement bénigne, mais dont certaines souches sont très virulentes) prélevés sur des travailleurs de l'industrie du porc et sur des gens qui ne travaillaient pas en agriculture. Chez les premiers, 78 % des staphylocoques étaient résistants à trois antibiotiques à la fois (clindamycine, erythromycine et tétraclycline), contre seulement 21 % chez les autres. Et des chercheurs européens ont observé le même phénomène aux Pays-Bas il y a quelques années.
Bref, malgré les protestations de groupes de pression agricoles, il fait peu de doute que l'usage constant et massif d'antibiotiques dans les fermes bovines, porcines et aviaires contribue au problème.
Cependant, il faut bien garder à l'esprit que l'élevage, tout «coupable» qu'il soit, ne représente qu'une partie de l'équation et qu'il est facile d'en exagérer la portée. Par exemple, une souche particulière de S. aureus résistante à la méthicilline, la poétiquement nommée ST398, semble être très répandue dans les élevages de porc - les travailleurs de cette industrie en sont très souvent porteurs, en tout cas -, mais une analyse génétique parue en 2012 a montré que ST398 est d'abord apparu chez l'humain.
De même, les «antibios» que les fermiers donnent à leurs animaux ne sont pas tous utilisés en médecine humaine. Par exemple, l'industrie du boeuf utilise abondamment la monensine, de la famille des ionophores (qui font passer divers ions à travers la membrane cellulaire, ce qui dérègle le fonctionnement interne de la bactérie). C'est un antibiotique qui sert en partie à prévenir certains maux, mais l'industrie l'utilise d'abord et avant tout parce qu'il accélère la croissance et améliore la conversion de la moulée en viande. Or la monensine garde une toxicité chez plusieurs mammifères - le cheval y est 100 fois plus sensible que les ruminants - et la médecine humaine n'en fait aucun usage.
Ce ne sont donc pas tous les antibiotiques utilisés en élevage qui rendent les pathogènes humains de plus en plus difficiles à traiter, et la résistance aux antibios a plusieurs autres sources aussi. Mais tout indique que ce secteur a sa part de responsabilité.
Sources :
G.D. Inglis et al., «Temporal Prevalence of Antimicrobial Resistance in Campylobacter spp. from Beef Cattle in Alberta Feedlots», Applied and Environmental Microbiology, 2006, goo.gl/8D1x4Q
Xiaohue Ye et al., «Livestock-associated methicillin and multidrug resistant S. aureus in humans is associated with occupational pig contact, not pet contact», Scientific Reports, 2016, goo.gl/Rw1exi
Beth Mole, «Farming up trouble», Nature, 2013, goo.gl/272DfT