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25 % moins de cancers pour ceux qui mangent bio ?

BLOGUE / Les titres sont gros comme ça, et ils ne laissent pas beaucoup de place au doute : comparé à ceux qui ne mangent pas ou peu de produits bio, ceux qui en consomment le plus ont 25 % moins de cancers, vient de montrer une étude. L'écart, prononcé, serait dû aux résidus de pesticides que l'on trouve en plus grandes quantités (même si ça reste infime) sur les fruits et légumes conventionnels. Alors, qu'est-ce qu'on fait avec ça ?

Lundi, une équipe menée par Julia Beaudry, de l'INSERM (institut français de recherche en santé), a publié dans le Journal of the American Medical Association (JAMA) une grande étude portant sur près de 69 000 personnes. Toutes avaient répondu à un questionnaire sur leurs habitudes alimentaires, notamment, comprenant une question sur leur consommation de produits bio («la plupart du temps», «à l'occasion» ou «jamais»). Les chercheurs se sont servi de ces informations pour diviser leur échantillon en quatre quartiles, selon l'importance des aliments bio dans la diète. Ils ont ensuite fait des suivis en moyenne 5 ans après l'entrée des participants dans l'échantillon, suivis étalés entre 2009 et 2016.

Résultat : dans le quartile qui mangeait le moins bio au départ, 2,19 % des gens ont développé un cancer pendant cette période, ce qui est nettement plus que le quartile qui consommait le plus de bio (1,59 % de cancers). L'écart de l'un à l'autre est de 27 %, ce qui est très important compte tenu de la grande fréquence de cette maladie.

L'échantillon de l'étude souffrait toutefois d'un gros biais, comme à peu près tous ceux qui tentent de documenter ce genre de question, d'ailleurs : la consommation bio vient avec une foule d'autres «facteurs confondants», comme disent les chercheurs. De manière générale, les gens qui sont prêts à payer leur nourriture plus cher pour manger bio sont aussi plus sensibilisés aux enjeux de santé. Dans l'étude française, le quartile 4 (champion du bio) fumait moins, buvait moins d'alcool, faisait plus d'exercice et moins d'embonpoint, avait étudié plus longtemps et touchait de meilleurs salaires en moyenne, en plus de compter nettement plus de «cadres et professions intellectuelles» dans ses rangs (29 % vs 18 %) et nettement moins de travailleurs manuels (15 % vs 24 %) que le quartile 1.

Ce sont là des écarts très importants qui peuvent collectivement biaiser beaucoup des statistiques sur le cancer (ce sont tous des facteurs protecteurs), et les auteurs de l'étude en étaient bien conscients. Ils ont donc apporté des ajustements à leurs données pour annuler autant que possible l'effet de ces variables, après quoi le quartile le plus bio ne montrait plus 27 % moins de cancers, mais plutôt 24 %. À l'œil, la correction semble faible, mais le modèle de l'équipe française tenait aussi compte de l'historique familial de cancer, qui était plus fréquent chez les amateurs de bio (39 % vs 34 %) ; avoir des membres de sa famille qui ont déjà eu le cancer augmente vos chances d'en développer un, alors j'imagine que cela peut avoir amoindri l'effet des facteurs protecteurs.

Les auteurs, disons-le, n'affirment pas avoir trouvé une relation de cause à effet (les produits de l'agriculture industrielle qui causeraient le cancer), mais ils proposent un mécanisme à titre d'hypothèse : les résidus de pesticides, dont plusieurs sont des cancérigènes connus, sont moins présents sur les aliments bio.

Maintenant, la question à 1000 $ est de savoir jusqu'à quel point on doit prêter foi à ces résultats — puisque ce n'est après tout qu'une seule étude. À l'œil, dans la presse française, les manchettes ont été très affirmatives, comme si l'affaire était définitivement entendue, alors que les médias anglo-saxons semblent avoir titré plutôt à l'interrogative. Et je crois que c'est cette seconde approche qui est la meilleure.

Entendons-nous, l'étude elle-même méritait la vaste couverture médiatique qu'elle a reçue. Ses auteurs sont des gens sérieux et réputés, le JAMA est une revue médicale prestigieuse dans laquelle il est difficile de publier (ce qui, sans être une garantie parfaite, est un gage de qualité), l'article repose sur un gros échantillon et des efforts considérables ont été faits pour corriger les principaux biais qui plombent ce genre d'étude. En outre, la question de départ est d'intérêt éminemment public : pour la plupart des gens, les résidus sur la nourriture sont la principale voie d'exposition aux pesticides. «Principale» même si, encore une fois, les quantités sont infimes.

Malgré toutes ses qualités, cependant, l'article a aussi ses limites — et pas que des mineures. Un thème récurrent qui revient dans les réactions d'experts (voir ici et ici, notamment) est qu'il est notoirement difficile de bien contrôler tous les facteurs confondants en nutrition. Si bien que malgré les corrections de Mme Beaudry et de ses collègues, les données sont presque certainement encore biaisés.

Mais il y a plus grave, lit-on dans ce commentaire qui a accompagné l'étude dans le JAMA. L'idée de base sur laquelle repose tout l'article, c'est que la consommation auto-déclarée d'aliments bio est un indicateur fiable d'exposition aux pesticides. C'est uniquement de cette manière que l'exposition a été mesurée — il n'y a pas eu de mesures directes, par des analyses d'urine par exemple. Or justement, il n'est pas bien établi que la consommation auto-déclarée d'aliments bio renseigne bien sur la quantité de pesticides ingérés. Cette étude a trouvé une bonne concordance entre les deux, mais celle-ci n'a rien vu de tel, soulignent les auteurs du «commentaire», trois chercheurs de Harvard. Cela ne signifie pas forcément que l'autodéclaration de consommation bio est un mauvais outil pour mesurer l'exposition aux pesticides, peut-être que des travaux futurs viendront en confirmer la valeur, mais cela signifie que pour l'instant, l'association bio-cancer est assise sur des fondations en apparence très fragiles.

Et c'est d'autant plus vrai que les résultats publiés dans le JAMA jurent un brin avec les autres études (trop rares) disponibles sur le sujet. En 2014, le British Journal of Cancer a publié le même genre d'exercice, mais portant celui-là sur plus de 600 000 femmes. Aucune d'association entre le fait de manger bio et le nombre de cancers en général (j'y reviens) n'a été observée. Ces travaux-là reposaient eux aussi sur l'autodéclaration de la consommation.

L'an dernier, l'Institut national de santé publique (INSPQ) a publié un rapport sur une question très étroitement liée : à partir de ce que l'on sait du potentiel cancérigène de chaque pesticide, et de ce que l'on sait sur les quantités de résidus présents sur les fruits et légumes, combien de cancers ces résidus peuvent-ils causer au Québec ? D'après les calculs de l'INSPQ, on parlerait ici d'environ 39 cas de cancers par année, sur un total québécois de 50 000 à 55 000 — et mentionnons que les effets anti-cancérigènes de ces même fruits et légumes préviennent 88 fois plus de tumeurs que n'en causent les résidus de pesticides qui sont dessus.

Je veux bien croire que la méthodologie de l'INSPQ est très différente de celle de l'étude du JAMA, reste qu'on n'est pas du tout dans les mêmes ordres de grandeur, ici, et j'ai de la misère à concevoir que ce soit uniquement une question de «métho». Que l'on m'éclaire si je m'égare sur ce point.

Soulignons enfin, et brièvement parce que ce billet va bientôt porter atteinte à ma réputation d'esprit de synthèse (si j'en ai déjà eu une), que l'étude du JAMA n'a mesuré la consommation d'aliments bio qu'en tout début de parcours. Il faut donc présumer qu'elle a été stable par la suite — et même avant puisque les cancers se développent lentement et que le suivi n'a été que de quelques années —, ce qui constitue une assez grosse présomption.

Bref, comme le mentionnent les trois chercheurs de Harvard dans leur «commentaire», cette étude-là n'est pas une raison de s'alarmer outre mesure, mais elle est tout de même une raison de creuser la question davantage. Ses forces obligent à y porter attention, elles nous disent qu'il y a peut-être quelque chose là. Et il importe de le vérifier parce que les résidus de pesticides sont présents dans une grande partie de notre nourriture. Je remarquerai à cet égard, pour ce que ça vaut, que l'étude du JAMA a noté une augmentation particulière de certains types de cancer, dont les lymphomes non-hodgkiniens (LNH, un cancer du système immunitaire). Ceux-ci peuvent avoir des causes varieés, mais certains herbicides sont connus pour les provoquer. Or la grande étude britannique a elle aussi remarqué un accroissement des LNH (même s'il n'y avait pas de hausse dans les cancers totaux).

Alors oui, il y a peut-être «quelque chose» là. D'un point de vue médiatique, il valait mieux en parler d'une manière pas trop affirmative, mais quand même : sans paniquer tout de suite, il va falloir y regarder de plus près.

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Psychologie: toutes les couleurs d'un carton rouge

BLOGUE / La question de départ était pourtant fort simple : est-ce que les joueurs de soccer «de couleur» sont plus susceptibles de recevoir des cartons rouges que les joueurs «blancs» ou à la peau plus pâle ? Cette question, de même qu'un seul et même ensemble de données, ont été envoyés à une trentaine d'équipes de recherche différentes en psychologie et... disons que les choses ont arrêté d'être simples pas mal tout de suite après le point d'interrogation.

Et c'était d'ailleurs là l'objectif avoué de l'exercice : pas de déterminer s'il y a bel et bien discrimination à l'égard des joueurs de couleur, mais de voir comment différentes équipes allaient aborder la question et les données. Quels choix méthodologiques chacune ferait et, surtout, quelle incidence cela aurait-il sur leur réponse finale. Le fascinant article qui en a été tiré est paru récemment dans Advances in Methods and Practices in Psychological Sciences et est disponible ici, en libre accès (yé !).

Vingt-neuf équipes de chercheurs se sont prêté au jeu et ont donc toutes reçu exactement les mêmes données, soit des informations sur tous les footballeurs ayant joué la campagne 2012-2013 dans les ligues française, anglaise, allemande et espagnols. Pour chaque joueur, une foule de variables étaient fournies (en plus du nombre de cartons rouges), comme la taille, le nombre de matches disputés, le teint de peau sur une échelle de 1 (très pâle) à 5 (très foncé), le nombre de cartons rouges/jaunes reçus en carrière (comme indicateur de sa réputation, ce qui peut influencer les arbitres), etc.

Et les résultats ? Si c'est la discrimination qui vous intéresse, sachez que les 29 équipes participantes ont en moyenne établi que les joueurs de couleur recevaient environ 30 % (ou 1,3 fois) plus de cartons rouges que les autres. Si c'est la métho qui vous intéresse : d'une équipe de recherche à l'autre, le rapport de cote (odds ratio) a varié de 0,89 (les joueurs de couleurs recevaient 11 % moins de cartons que les autres, mais l'écart n'était pas statistiquement significatif) à 2,93 (presque 3 fois plus de cartons pour les joueurs de couleur). Vingt équipes ont trouvé des indices statistiquement significatifs de discrimination, et neuf n'ont pas trouvé de différence significative.

Et tout ça, répétons-le, à partir des mêmes chiffres, des mêmes données de départ. Comment est-ce possible ? C'est que, exposent les auteurs de l'article, les équipes étaient libres de procéder comme elle l'entendait, et que même pour une question presque brutalement directe comme celle-là, il y a une foule de choix méthodologiques à faire. Certaines options sont meilleures que d'autres, mais ce n'est pas toujours facile à discerner — et parfois tout simplement impossible parce que chaque choix vient avec des avantages et des inconvénients.

Par exemple, les teints de peau ont été «cotés» de 1 à 5, mais dans bien des pays, les métisses sont culturellement considérés comme «noirs» — bref, vous êtes «blanc pur» ou «de couleur», mais il n'y a pas vraiment de degrés entre les deux. Alors qu'est-ce que vous faites avec les teints de peau de 1 à 5 ? Vous laissez la gradation telle quelle, au risque de gauchir le résultat final, ou vous décrétez (arbitrairement) que les cotes 1 et 2 sont «blancs» et les 3-5 sont «de couleur» ?

«Comment vous approchez le fait que certains arbitres donnent plus de cartons que d'autres, demandent les auteurs de l'article ? Tenteriez-vous de contrôler pour l'expérience de chaque arbitre ? (...) Est-ce que vous voudriez voir si les cartons rouges sont plus fréquents dans certaines ligues, et si la proportion de joueurs de couleur est la même dans toutes les ligues et à toutes les positions ?»

Ce sont toutes des décisions qui peuvent avoir des effets plus ou moins gros sur le résultat final et dont l'effet cumulatif peut être considérable — et on ne parle pas ici des choix d'«outils» statistiques. Ce que le papier d'Empirical Article fait ressortir, il me semble, c'est à quel point toute (ou presque toute) statistique sociale est le résultat d'une foule de facteurs toujours difficiles à contrôler, et que cela implique forcément une longue de liste de choix méthodologiques. Ce papier-là le fait d'une manière remarquablement rigoureuse et scientifique, et pourrait sans doute, d'ailleurs, étendre ses conclusions à nombre d'autres disciplines que la psychologie, qui ont elle aussi des problèmes de reproductibilité des résultats.

Cela souligne aussi au passage l'importance de la transparence et du partage des données en science. Pas pour rien que l'article a été décrit comme «un des plus importants de ce siècle» et que nombre de chercheurs, sur les réseaux sociaux, ont invité tous les profs de stats à le présenter dans leurs cours.

Science

Vivre de nectar et de... glyphosate?

BLOGUE / D'un point de vue médiatique, parler de glyphosate et d'abeilles dans un même article est l'équivalent de tremper un cube de TNT dans de la nitroglycérine : chacun est déjà très explosif séparément, alors une fois ensemble...

C'est en plein ce qu'ont fait trois chercheurs de l'Université du Texas pour voir si l'herbicide le plus utilisé du monde affectait la santé des butineuses, et il est arrivé ce qui devait arriver : une couverture médiatique mondiale. En «temps média», l'étude disponible ici date déjà un peu (fin de septembre), mais sa parution pendant la campagne électorale ne m'a pas laissé le temps d'en parler et, comme les articles de presse ont pratiquement tous laissé entendre que la cause était entendue, je pense qu'il vaut la peine d'y revenir parce que la réalité me semble un peu plus nuancée. On pourra en discuter.

Le glyphosate est l'ingrédient actif du Round-Up, une formulation mise au point par Monsanto (notons que ses brevets sont échus maintenant et que bien d'autres entreprises en fabriquent). Il tue les plantes en neutralisant un enzyme qui leur est absolument essentiel mais, comme cet enzyme n'existe pas chez les animaux, la règle générale (et bien des études le confirment) est que sa toxicité est plutôt faible pour les animaux. Ce qui est, bien sûr, un grand avantage.

Cependant, s'est dit le biologiste de UofT Erick Motta avec deux collègues, on sait que le glyphosate est néfaste pour diverses bactéries, et on sait que certaines d'entre elles sont naturellement présentes dans l'intestin des abeilles. Puisque les insectes ont autant besoin que nous de «bonnes bactéries», cela (re)posait la question de la toxicité (indirecte cette fois-ci) de cet herbicide pour nos faiseuses de miel. Le trio a donc prélevé plus de 1800 abeilles dans des ruches pour les soumettre à trois régimes différents pendant 5 jours : sirop de sucre sans glyphosate, du sirop avec 5 milligrammes par litre de glyphosate, et du sirop avec 10 mg/l. Puis, après les avoir marquées de différentes couleurs pour les reconnaître, ils les ont réintroduites dans leurs ruches. Enfin, au bout de 3 jours dans la ruche, ils ont récupérer les abeilles (autant que faire se pouvait, on y revient) et ont analysé leur microbiote.

Ils ont constaté que comparé au groupe-contrôle (aucun glyphosate), le groupe nourri avec du glyphosate à 5 mg/l montrait des changements substantiels dans son microbiote. Celui-ci était moins diversifié et contenait nettement moins de bactéries au total.

Cependant, et c'est un «reproche» que plusieurs ont fait à cette étude, les abeilles nourries à 10 mg/l n'ont pas, ou si peu, montré de signe que leur microbiote avait été dérangé par l'herbicide, même si elles en avaient consommé deux fois plus. M. Motta et ses collègues admettent dans l'article que c'est «inexpliqué», mais ils indiquent que moins de 20 % des plus de 1800 abeilles réintroduites dans les ruches après «traitement» ont pu être récupérées, les autres étant mortes ou ayant été rejetées par la ruche (ça arrive dans ce genre d'expérience). Il est donc possible que la mortalité ait été plus grande chez ce groupe : une partie des effets du glyphosate auraient alors échappé aux mesures puisque les abeilles seraient mortes loin de la ruche.

La question est donc : est-ce que plus d'abeilles du groupe contrôle ont été récupérées, comparé à celles qui ont eu du glyphosate ? Ce n'est pas clair dans l'article, mais la réponse est «non, sauf que...»

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La citation de la semaine

BLOGUE / La citation de la semaine, en ce qui me concerne (je sais qu'on est seulement mardi, mais ça va être dur à battre) : «Ce rapport [ndlr : celui du GIEC, sorti hier] met en lumière l'urgence de remplacer les combustibles fossiles par des sources d'énergie renouvelable à bas coût qui sont déjà largement disponibles. Le rapport souligne également l'urgence de protéger les forêts et les tourbières : on trouve plus de carbone emmagasiné dans ces milieux naturels que dans toutes les réserves de combustibles fossiles, et ils retirent aussi environ le tiers de nos émissions actuelles de dioxyde de carbone hors de l'atmosphère.»

On doit la citation à Jo House, de l'Université Bristol. L'intégrale (et d'autres réactions au rapport du GIEC sont disponibles sur le site du Science Media Centre britannique.