S’il est difficile de mesurer avec exactitude le taux de faux positifs que produisent les tests de COVID-19, on a d’excellentes raisons de penser qu’ils sont très rares.
S’il est difficile de mesurer avec exactitude le taux de faux positifs que produisent les tests de COVID-19, on a d’excellentes raisons de penser qu’ils sont très rares.

Vérification faite: les tests de COVID-19 sont-ils vraiment «trop sensibles»?

Jean-François Cliche
Jean-François Cliche
Le Soleil
L’affirmation : «Des gens de mon entourage ont commencé à m’envoyer des “informations” au sujet de cette “fausse pandémie” que serait la COVID. J’ai cru comprendre que lors des tests PCR, on fait subir des cycles d’amplification à l’ARN du virus et qu’en fonction du nombre de cycles effectués, le degré de sensibilité augmentait. On me dit qu’à plus de 40 cycles d’amplification, nous ne retrouverions que des traces du virus, généralement mort, et que ça serait généralement des gens asymptomatiques ou qui n’ont plus de charge virale contagieuse qui se rendent là. Est-ce vrai, et quelle est la sensibilité des tests qui sont utilisés au Québec?» demande Maxime Ladouceur, de McMasterville.

C’est là une question qui m’a été envoyée à plusieurs reprises au cours des derniers jours, sous diverses formes, mais toujours avec la même conclusion générale : le nombre de cas de COVID-19 serait artificiellement gonflé par un nombre trop élevé de «cycles d’amplification» qui produirait beaucoup de faux positifs. Alors voyons voir.

Les faits

Détecter un microbe dans un petit échantillon de sécrétions nasales n’est pas une tâche facile, ne serait-ce que parce que la quantité de virus qui se trouve là-dedans est absolument infime. Il existe quelques manières de contourner le problème, mais la plus rapide et pratique, ce sont les fameux tests PCR, de l’anglais polymerase chain reaction. Ceux-ci sont faits pour reconnaître une séquence génétique particulière au virus, puis à en faire des copies (les fameux «cycles d’amplification») jusqu’il y en ait suffisamment pour être facilement détectable : les tests sont ainsi faits que, si le virus est présent, les copies génèrent de la fluorescence.

L’amplification confère à ce procédé une sensibilité extraordinaire : «Un frottis nasal va produire un échantillon d’environ 0,5 millilitre, et on va faire le test sur environ le sixième de ça, indique Maurice Boissinot, spécialiste de ces tests (il en met au point lui-même) au Centre de recherche en infectiologie de l’Université Laval. Et s’il y a une dizaine de copies de la séquence génétique dans le petit 0,1 millilitre qu’on examine, on est capable de détecter le virus». 

Les PCR ont aussi l’avantage d’être très «spécifiques», au sens où ils sont faits pour détecter une séquence qui est unique au microbe recherché.

Cependant, poursuit M. Boissinot, il peut arriver que la séquence ait une ressemblance suffisamment grande avec un bout du génome humain pour que, si l’on mène trop de cycles d’amplification, la fluorescence apparaisse même si le virus est absent (ce qui serait un «faux positif»). Mais c’est une possibilité qui est connue et les fabricants «sont obligés de faire des analyses sur des échantillons négatifs qui permettent de produire un seuil en dessous duquel il n’y a pas d’amplification [d’autre chose que la séquence du virus recherché]», dit-il.

Ce seuil est souvent de 40 cycles, mais, contrairement à ce que prétendent certains conspirationnistes, ce n’est pas une limite absolue ni universelle : cela peut varier selon le fabricant, la sorte de «réactifs» (des produits chimiques utilisés pour les PCR), d’une machine à l’autre, dit M. Boissinot. Et c’est particulièrement vrai dans le cas de la COVID-19, les labos (débordés ces temps-ci) n’ont pas encore eu le temps de standardiser les tests autant que pour d’autres microbes, poursuit-il.

Maintenant, est-ce que cela signifie qu’il y a beaucoup de faux positifs? «Il n’y a pas de test parfait, dit Hugues Charest, biologiste moléculaire au Laboratoire de santé publique du Québec. Des faux positifs, ça arrive dans tous les labos.» Cependant, ajoute-t-il, s’il est difficile de mesurer avec exactitude le taux de faux positifs que produisent les tests de COVID-19, on a d’excellentes raisons de penser qu’ils sont très rares.
D’abord, explique-t-il, il existe des «garde-fous» qui permettent de repérer les résultats fautifs. Par exemple, tous les lots d’échantillons sont testés avec des «contrôles», c’est-à-dire des échantillons dont on est absolument certain qu’ils sont négatifs. Si un contrôle s’avère positif, cela indique qu’il y a eu un problème et qu’on doit recommencer le test.

Et puis, poursuit M. Charest, «on ne se rend pas à 40 cycles pour tous les tests. Dans bien des cas, on peut détecter la COVID-19 après 10 ou 20 cycles seulement».

D’ailleurs, l’ultime démonstration de la fausseté de ces histoires de «pandémie fictive» qui serait créée par des cycles répétés trop de fois, elle est sans doute là : «Il y a environ 80 % des tests positifs à la COVID-19 qui surviennent entre 12 et 25 cycles d’amplification», dit M. Boissinot. Et plus on s’approche de la limite d’environ 40 tests, plus la proportion diminue. Les tests qui deviennent positifs passé 37 cycles ne représentent qu’environ 5 % des cas confirmés au Québec, poursuit-il.

Les échantillons qui se rendent proches de la limite peuvent venir de patients qui sont testés très tôt dans la maladie et dont la charge virale est encore très faible. Il peut aussi s’agir de gens qui, pour une raison ou pour une autre, demeurent positifs anormalement longtemps, possiblement sans être contagieux, dit M. Boissinot. Et peut-être même que dans quelques cas, ce fut l’ADN humain qui ait été détecté. Peut-être...
Mais quelle que soit la raison, ces chiffres montrent qu’il est totalement impossible que le nombre de cycles d’amplification ait massivement produit des faux positifs au Québec.

Verdict

Complètement faux. Tous les tests PCR peuvent produire de faux positifs, et il existe une possibilité théorique pour que, passé un certain nombre de cycles d’amplification, ceux dont on se sert pour la COVID-19 confondent l’ADN humain avec le virus. En pratique, cependant, l’immense majorité des tests positifs surviennent bien avant le seuil où ce genre de faux positifs se produit. Il est donc impossible qu’il y en ait un nombre le moindrement significatif.