Jacques Corbeil, chercheur au Centre de recherche du CHU de Québec-Université Laval

Jacques Corbeil: la recherche des bonnes bactéries

Jacques Corbeil aime comprendre. Cet appétit de savoir l’a mené à une carrière dans la recherche de pointe dans un secteur que la plupart des gens connaissent peu : le microbiome (ensemble des micro-organismes vivant dans un écosystème donné).

Il cherche à comprendre l’interaction entre le microbiote humain et celui de l’environnement. L’interaction peut tout aussi bien être une cause de maladie qu’un moyen de soigner. Mais pour cela, il faut des données, des tonnes de données pour analyser, voir les modèles d’interaction et dégager des lignes directrices.

«Nous en sommes encore au début des recherches sur le microbiome, car nous avons maintenant la technologie et de nouvelles méthodes d’analyses. Nous pourrions découvrir ce qui permettrait d’améliorer la santé par exemple avec l’ajout d’oméga-3 ou de bleuets dans l’alimentation. Il nous faudra séquencer le microbiome de plusieurs individus pour savoir ce qu’est le microbiome québécois, car il dépend de l’alimentation. On pourrait influencer tel ou tel types de bactéries», explique-t-il en exposant son inquiétude sur la résistance aux antibiotiques.

Un rêve

Son rêve serait de pouvoir séquencer à grande échelle le microbiome humain pour y dégager des similitudes et comprendre les différences. Les analyses du microbiome des humains présentent 40 % de similitudes et 60 % de différences typiques. C’est aussi personnel que l’empreinte digitale, illustre le DCorbeil.

L’utilisation de l’intelligence artificielle pour faire de la classification et de la prédiction est aussi à ses débuts. Plus il y aura de données, plus les actions pourront être ciblées et précises. «Classifier, c’est plus facile. Prédire, c’est un peu plus difficile, mais prescrire en sachant comment agir, c’est plus complexe. À chaque étape, il faut davantage de données» pour y voir clair, insiste le chercheur.

Pour l’instant, la médecine effectue des transplantations de selle (microbiome intestinal) dans les cas de la maladie C. difficile avec un taux de succès pour la guérison variant de 90 à 95 %.

Retour à Québec

Jacques Corbeil a passé 25 ans de sa vie hors Québec. Il a d’abord terminé son doctorat à Sydney en Australie, où il a travaillé plusieurs années avant de passer 15 ans à l’Université de Californie à San Diego (UCSD). Il est revenu au Canada à cause des chaires de recherche sur les maladies infectieuses.

Le fil conducteur de ses recherches concerne les micro-organismes et, depuis quelques années, il s’intéresse aux données de masse (Big Data) et à l’intelligence artificielle pour aider au diagnostic avec l’analyse du séquençage du génome, pour faciliter le pronostic et optimiser le traitement des maladies infectieuses.

«Nous sommes de plus en plus conscients que nous vivons dans un écosystème avec des interactions entre le génome environnemental et le génome humain. Il faut analyser les interactions. Il faut connaître l’influence du microbiome humain sur l’environnement et l’inverse aussi.»

Le DCorbeil est impliqué dans le projet Sentinelle Nord (tinyurl.com/y98vv2q8) qui analyse des bactéries dans l’environnement nordique pour comprendre l’influence de cet environnement en mutation et son impact sur les humains. «On veut voir les microbes présents dans l’environnement qui pourraient être les sentinelles de ce qui pourrait survenir plus tard. Nous avons inventé avec une équipe un système pour recueillir des échantillons et effectuer nos analyses. Ce sont des marqueurs de réchauffement climatique, de l’influence humaine et de la pollution», expose-t-il.

Son laboratoire est composé de nombreux mathématiciens et informaticiens qui travaillent avec les systèmes de calcul informatique de pointe de Calcul Canada et avec des dizaines de milliers des processeurs.